Die Aufgabe von TransGen ist es, Informationen zur Anwendung der Gentechnik im Lebensmittelbereich zu sammeln, verständlich aufzubereiten und allen Interessierten zugänglich zu machen. Die Website versteht sich als Angebot an selbstbewusste, mündige Bürgerinnen und Bürger, die sich sachkundig ein eigenes Urteil bilden wollen. TransGen bezieht nicht Position "für" oder "gegen" die Gentechnik. Es ist weder Ziel, die Anwendung der Gentechnik in Landwirtschaft und Lebensmittelindustrie zu verhindern, noch ihre kommerzielle Nutzung zu fördern. So will das Internetportal zu einer sachbezogenen, verantwortungsvollen und 'informierten' Meinungsbildung in der Gesellschaft beitragen.